Program

meliputi penyelenggaraan pendidikan di Pondok Pesantren Annuqayah Latee II yang dikelola secara kelembagaan, yaitu : Madrasah Diniyah, Diskusi Mahasiswa, Klub Belajar, dan sebagainya;

meliputi penyelenggaraan kegiatan peminatan di Pondok Pesantren Annuqayah Latee II yang bersifat khusus dan bebas sesuai minat santri Pondok Pesantren Annuqayah Latee, yaitu: Lembaga Dua Bahasa, Lembaga Tahfidhul Quran, Forum Lingkar Pena, dan sebagainya;

meliputi kegiatan ubudiyah yang terpusat di musala Pondok Pesantren Annuqayah Latee, yaitu: salat berjamaah, ketakmiran, istigasah, dan sebagainya; 

meliputi penyelenggaran upaya menjaga kesehatan dan     melestarikan lingkungan hidup, yaitu: penanganan santri sakit, kebersihan lingkungan, dan lain sebagainya;

meliputi media publikasi, baik daring dan non-daring, dan perpustakaan yang dikelola oleh divisi-divisi Pondok Pesantren Annuqayah Latee II;

meliputi penyelenggaraan penertiban santri dan keamanan pondok pesantren serta upaya memberikan layanan konsultasi bagi seluruh santri, lebih-lebih santri yang bermasalah;

meliputi aturan berbusana sesuai kaidah-kaidah yang makruf di lingkungan Annuqayah;

meliputi unit-unit usaha yang dimiliki Pondok Pesantren Annuqayah Latee II sebagai ikhtiar kemandirian finansial;

meliputi prasana yang dimiliki PP Annuqayah Latee unntuk menunjang terselenggaranya seluruh program;