Program

meliputi penyelenggaraan pendidikan di Pondok Pesantren Annuqayah Latee yang dikelola secara kelembagaan yang bersifat umum dan mengikat kepada seluruh santri Pondok Pesantren Annuqayah Latee, yaitu : Madrasah Diniyah, Madrasah SKIA, Pengajian Al-Quran, dan Pengajian Kitab;

meliputi penyelenggaraan kegiatan peminatan di Pondok Pesantren Annuqayah Latee yang bersifat khusus dan bebas sesuai minat santri Pondok Pesantren Annuqayah Latee, yaitu: Lembaga Dua Bahasa, Lembaga Tahfidhul Quran, Kursus Dua Bahasa, Hadrah Banjari, Kursus Kaligrafi, Kursus Lukis, Teater, dan sebagainya;

meliputi kegiatan ubudiyah yang terpusat di musala Pondok Pesantren Annuqayah Latee, yaitu: salat berjamaah, ketakmiran, istigasah dan sebagainya; 

meliputi penyelenggaran upaya menjaga kesehatan dan     melestarikan lingkungan hidup, yaitu: penanganan santri sakit, olahraga, kebersihan lingkungan, dan lain sebagainya;

meliputi media publikasi, baik daring dan non-daring, dan perpustakaan yang dikelola oleh divisi-divisi Pondok Pesantren Annuqayah Latee;

meliputi penyelenggaraan penertiban santri dan keamanan pondok pesantren serta upaya memberikan layanan konsultasi bagi seluruh santri, lebih-lebih santri yang bermasalah;

meliputi prasana yang dimiliki PP Annuqayah Latee guna menunjang terselenggaranya seluruh program;

meliputi unit-unit usaha yang dimiliki Pondok Pesantren Annuqayah Latee sebagai ikhtiar kemandirian finansial;